Conheci ainda ontem através do chris carter's web log, uma ferramenta bem interessante para criação de protótipos (no melhor formato papel de pão) chamada Balsamiq Mockups.

Foi desenvolvido em Flex/Air e é bem simples e intuitiva, segue alguns exemplos dos protótipos criados:

infelizmente não é gratuíta, porém custa apenas $79 por usuário.

Maiores detalhes em: http://www.balsamiq.com/